Hoewel bij de reformatie de kapel onteigend werd, bleef de daaronder gelegen grafkelder in het bezit van het gilde. Tegen het begin van de 17de eeuw stond deze eigendom echter niet meer aangetekend in de registratie van de kerkmeesters. In 1606 protesteerden deken en vinders tegen de begraving van een lijk in de kelder zonder hun toestemming. Vijf jaar later protesteerden zij opnieuw, nu tegen het feit dat kerkmeesters de bijzetting in de kelder van het lichaam van gildebroeder pater Willem Boll weigerden. De kerkmeesters toonden hun boeken en de deken en vinders een afschrift van de schenkingsakte. Zij lieten ook nog een attestatie opmaken door de 65-jarige Magdalena van Schoten, die een verklaring aflegde over wat zij van wijlen haar vader Johan van Schoten over de eigendom gehoord had.

Kennelijk werd het gilde in het gelijk gesteld, want uit een notitie in de rekening van 1663 blijkt dat gildeleden dan nog steeds (op eigen kosten) in de grafkelder begraven konden worden.

Alleen de stoelbezitters kwamen in aanmerking voor een plaats in de grafkelder. In een katerntje met notities over deze grafkelder (inventarisnummer 28) lezen we dat Simon Pauw daarom in 1718 een stoel gekocht heeft, om te zijner tijd naast zijn vrouw, die al een stoel bezat, in de kelder begraven te kunnen worden. Bij de opening voor zijn bijzetting werd geconstateerd dat de kelder al behoorlijk vol was: er lagen toen al vier lijken in en Simon Pauws weduwe zou er, als zesde, met moeite nog bij kunnen.

In hetzelfde katerntje staat vermeld dat de toegang tot de kelder (genummerd 16-17) in die tijd slechts mogelijk was via het ervoor gelegen dubbelgraf (grafnummers. 9-10). Niet alleen moest de zerk van het dubbelgraf geopend worden, de zich daarin bevindende lijken moesten eruit genomen worden voordat men de door losse stenen gevormde verbinding met de ‘mond’ van de grafkelder kon openen. Nadat de dode zo in de grafkelder van het gilde was bijgezet, moesten de uit het dubbelgraf gehaalde lijken dan weer terugplaatst worden en de zerk er weer op gelegd.

In 1721 werd het dubbelgraf verkocht en de nieuwe eigenaar wenste kennelijk geen gesol met de inhoud meer voor het openen van de grafkelder. Om Cunera Appeldoorn, de weduwe van Simon Pauw, naast haar man in de kelder te ruste te kunnen leggen, was men in 1722 genoodzaakt om de overwelving van de kelder te slopen en na afloop opnieuw op te metselen.